繼前指揮官陳時中請辭、新任指揮官王必勝上任後，原擔任副指揮官的內政部次長陳宗彥今（18日）中午於臉書發文，宣布完成階段性任務後請辭副指揮官「心中只有感謝」，談及2年多的抗疫日子，他感性寫到「從一開始對病毒一知半解，到現在有明確掌握」，「因為一起走過那麼多的風浪，才讓離開的步伐這般不捨，也知道防疫工作，仍充滿艱辛挑戰，而我對同仁有百分之百的信賴，一定能繼續守護台灣。」
由於台灣與中國距離近且交流頻繁，2019年疫情爆發時，台灣一度被評估為受害最深國家，不過台灣並未擊倒且有能力協助他國，讓國際看見台灣的奇蹟。陳宗彥表示，「真心覺得，過去這3年以來，我們真的對疫情防控有些許貢獻」，為互通訊息而打造的溝通平台，讓政府能即時調度資源、掌握資訊、修正檢討的基礎，相信能夠幫助台灣繼續面對未來的抗疫挑戰、有信心，謹慎前行。
此外，談及這些時間裡印象最深刻的事情，陳宗彥直言「讓我印象最深刻、出現在腦海最多的，是同仁們一個個累趴在桌子、沙發上，歪七扭八的睡姿；是口罩也遮不住的疲憊與黑眼圈；是被誤解時，默默擦去委屈的淚水，轉身抱起一大堆資料，繼續埋頭工作的身影；隨便吃幾口便當就開始工作，看完報表麵都糊了，這些不叫辛苦，叫心甘情願。」
「幸好我們有公民素質很高的國人，有專業團隊，有辛苦的護理人員、軍警消、基層民政人員和村里鄰長，才在狂風暴雨中守住台灣」，陳宗彥細數這場疫情之下感謝的對象，也強調卸下副指揮官的工作，不代表退出防疫工作，「完成階段性任務之後，我仍是防疫團隊的一份子」，並再次感謝所有人。
王必勝於疫情記者會感謝陳宗彥，感謝陳宗彥在邊境管理、警政與民政上非常專業，一起工作2年多相處融洽，感謝陳在防疫工作上的貢獻，副指揮官經過討論已和行政院報告，決定後會盡快公布。有媒體追問接任副指揮官是否也為內政部官員？王必勝並未正面回應，僅稱副指揮人選目前還沒做最後的決定，待決定後會再跟大家報告。
