白喬茵指控陳吉仲在2012年執行經費125萬的「我國環境友善農業經營直接給付之研究」報告內容,涉嫌抄襲2007年台大農經系教授林國慶的「全民造林政策之執行成果與政策分析」研究與2008年「提升農民平地造林所得之探討計畫」,質疑是「整段抄、逐字抄、標點符號也抄」。
被點名出來打球,陳吉仲也提出證據「直球對決」,以iThenticate®比對系統將2篇研究報告設定相同的條件比對,呈現重複比例僅為3%,「這與張善政先生擔任計畫主持人的研究報告重複比例有5篇超過45%,另有一篇25%以上,是完全不同的」。
陳吉仲指出,此次被指控重複圖表,是政府公開地造林成果面積數據,圖表也是根據政府數據製作長條圖,而後面參考文獻也有確實引用林務局的「平地景觀造林及綠美化計畫」。他透露,這個研究團隊的研究人員,同時參與兩項計畫的撰寫。報告也都是研究人員自己的研究及整理。這與直接從他人的報告內容複製貼上的情況,截然不同。
陳吉仲表示,他投身學術幾十年,發表過60、70篇國內外期刊論文,對於自己的期刊論文向來要求謹慎。「對於外界的檢視,我坦蕩蕩面對也會充分說明,我對我們的研究負責,不會退卻於似是而非的操作」。