馬英九3月27日搭乘飛機到上海，轉乘高鐵前往北京；3月28日上午拜謁中山陵，下午參訪中國近代史遺址博物館（南京總統府）、國父孫中山先生故居、拉貝故居；3月29日上午參訪南京大屠殺紀念館、中國第二歷史檔案館，下午搭乘高鐵赴武漢；3月30日上午參訪辛亥革命武昌起義紀念館、黃鶴樓，下午參訪湖北省博物館、東湖綠道。
馬英九將於3月31日於武漢大學座談會後，前往長沙參訪周南中學；4月1日赴湘潭市湘潭縣白石鎮祭祖後，參訪衡山、嶽雲中學、南嶽忠烈祠等地；4月2日參訪嶽麓書院、與湖南大學學生座談，下午參訪湖南大學科學館；4月3日前往重慶，下午參訪重慶抗戰遺址博物館、重慶市規劃展覽館；4月4日上午參訪中央政治學校舊址，下午參訪張自忠烈士陵園、重慶中國三峽博物館。
馬英九於4月5日重回上海參觀洋山港港區；4月6日在復旦大學舉辦座談會後下午參訪四行倉庫抗戰紀念館、和平飯店、城市會客廳、豫園；4月7日搭乘飛機返台。
而訪中行程包括基金會執行長蕭旭岑、基金會最高顧問曾永權、馬英九辦公室主任王光慈、政治大學教授邱坤玄及廖元豪，以及馬英九3個姐姐、1個妹妹；而夫人周美青不會出席。
蕭旭岑指出，馬英九卸任後相當關心兩岸事務，他相信若能讓年輕人重新交流對話「一定能降低緊張情勢」，兩岸最重要的是年輕人交流；至於是否與中國國家領導人習近平，或與高層官員會面？蕭旭岑表示此行單純是赴中國祭祖，至於見到什麼層級人員「客隨主便」。
另外，外界好奇馬英九訪中行程與蔡英文訪美撞期，時機點過於敏感，蕭旭岑回應，完全不知道蔡總統到美國行程，他們是農曆年前就開始規劃「這完全是巧合」，他強調此行不會有太多的政治考量，也沒有預期碰到誰。
