除了師生不倫戀之外，賴智明還被爆料重女輕男。B先生說：「賴上課時都會要求女學生坐在第一排，男學生則會很識相地往教室後方坐，不然賴老師心情會不好！」而賴排擠男學生的情況，也反映在他指導的論文上。
B先生指出，以往在原單位評鑑優等的男學生，一到賴智明的手裡，下場都很淒慘，例如1名平均成績90分的男學生遭逼退學，另名海軍官校第1名畢業的男學生遭延畢1年，還有些拿不到畢業證書，都是論文被賴卡關。
此外，賴智明還有操守不佳的疑慮。另名知情人士C先生透露，賴從多年前開始，就把學生當人頭，浮報研究經費，他在取得國科會補助後，會要求學生繳回一半的費用，讓他中飽私囊，例如學生每月領取1萬元的助理研究費，賴就會要求對方透過轉帳或交付現金的方式，繳回5,000元到賴指定的研究生公帳帳戶。
不過，這些錢並未全數用於學術研究，很多是花在賴智明的私人開銷，C先生表示，包括賴買菸、買便當或賴家要價數萬元的電腦椅，都是用這些經費支出。
C先生告訴本刊，多年前就有看不下去的國防大學師生，透過臉書社團「靠北長官」揭發賴智明貪小便宜、把校園當後宮的荒唐行徑，但因校方始終置之不理，忍無可忍的師生這次才決定向媒體投訴，希望軍方介入調查，好好整頓國防大學的積弊。
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