針對《聯合報》報導「南海工作會議紀錄全文」，總統府發言人林聿禪今表示，連日來包括總統府、國防部及蘇貞昌前院長等已接連多次陳明「我國不會也沒有發展生物戰劑的計畫」，《聯合報》不僅遲未刊出相關澄清，今天更以捏造文件繼續不實報導，無視可能陷國家形象與國民利益受到損害，令人憤怒；再次呼籲《聯合報》應該立即更正，並向國人表達歉意。
林聿禪表示，經過查證，所謂的「南海工作會議紀錄全文」內容破綻百出，除了事實上根本沒有這項會議外，文件格式也非政院會議慣用格式，多處用字遣詞更非我國常用，相關樣態與近期中國透過造假公文書操弄假訊息的模式若合符節；尤其過去2年中國政府也屢以指控他國「發展生物戰劑」操弄國際輿論，這次的操作更顯疑點重重。
至於《聯合報》稱總統府在第一時間未回應，林聿禪還原當日聯繫情形，經記者於11時38分以文字訊息詢問回應，因提問內容及資訊並不完整，林聿禪便於11時41分回覆「我先了解一下」以進行相關資訊確認，未料《聯合報》未待我方回應查證結果，於不到20分鐘的時間，12時整發布該篇報導，《聯合報》所稱有進行查證的說法並不誠實，且《聯合報》事後於總統府發出聲明駁斥不實後，也遲未刊登聲明。
林聿禪強調，台灣是民主國家，保障言論及新聞自由，但絕不能容忍錯假訊息散布；《聯合報》連日無端指控，已經損及國民與國家的利益，更是對區域穩定的惡意挑弄，非常不負責任，再次呼籲《聯合報》慎重看待自身社會責任，即刻並且勇敢的面對錯誤，更正這項不實報導。
至於國防部方面，也發布聲明說明，查證後明確指出，軍醫局預醫所以執行傳染性疾病之病原的偵檢、防護及治療任務為主；同時研發生物戰劑之偵檢試劑，以強化防衛性生物戰劑偵檢能力。
另外，國防部指出，第四級實驗室則主要針對傳染性疾病之病原進行偵測、防護及治療為主，目前正規劃建置符合生物安全的研發處所；因此有關「美國疑敦促我研發戰劑」「由美方協助規劃審查」的傳聞均非事實。
國防部進一步指出，《聯合報》聲稱公布「完整會議紀錄」，其中有關「國防部發言」內容更存多項謬誤，例如使用「坦克」「各軍總部」「軍火採購」等字眼，均非國軍常用軍語。
國防部強調，國軍落實行政中立多年，普受各方肯定，更不會如同共軍般使用「本黨」做發言詞，以此種所謂「紀錄」當成新聞報導佐證，既不符媒體客觀公正之社會期待，更戕害國軍形象，要求應即更正。
