曾在90年代拍過3集的真人版電影，2007年的電腦動畫版，以及2014年再次重啟的2部真人版電影，《忍者龜：變種大亂鬥》將是歷年來第7部忍者龜電影。為何要再次翻拍，監製塞斯羅根（Seth）說打從很小的時候，就留給他深刻的印象：「忍者龜動畫影集在1987年播出，當時我5歲。第一部電影在1990年上映，當時我8歲。它非常適合這個年紀的孩子，我一看就愛上了，覺得很有趣、很容易產生連結。我還因此開始學空手道，就知道我有多迷忍者龜。」
當派拉蒙影業和尼克兒童頻道的總裁兼執行長布萊恩羅賓斯（Braine Robbins）打給塞斯羅根，詢問他是否願意討論製作一部新的忍者龜電影時，他就已經有了清楚的想法。塞斯羅根說：「忍者龜的青少年元素是最少被探索的，也是對我來說最有趣的部份。」這個想法促成了《忍者龜：變種大亂鬥》。塞斯羅根想要以真正的青少年精神製作一部忍者龜電影，打破所有規則，不再照本宣科，要走出自己的一條路。
忍者龜的故事不光圍繞在四兄弟身上。事實上，他們的生命裡還有兩個非常重要的人：養父史林特和好友艾波歐尼爾。製片伊凡戈博（Evan Goldberg）說：「我和塞斯羅根都很迷成龍。自從《紅番區》上映以來，我們就一直在看成龍的電影，這部電影帶我們認識了他，我們認為他非常會抓喜劇的時機，總是能創造視覺上精彩刺激的場面。《忍者龜：變種大亂鬥》是一部武術喜劇動畫片，請他來為史林特配音再完美不過了。」伊凡戈博還很清楚記得錄音過程，他說：「跟成龍合作很夢幻。他會說『效果還可以嗎？要再來一遍嗎？』很多配音的演員會說『我覺得可以了。我覺得最後錄的那一次很好。』但成龍說『我想做到你要的效果。』他是最謙虛、也是最興奮的。」
艾波歐尼爾是忍者龜最親密的人類盟友，讓他們與紐約下水道上方的世界產生聯繫，這個關鍵角色由阿尤艾德維利（Ayo Edebiri）飾演，她表示：「艾波歐尼爾和忍者龜互相幫助，也在彼此身上找到珍貴的友情。」首席角色設計師伍德羅懷特說：「一開始，雙方的合作比較像是一場交易。忍者龜想要耍酷，並認識人類，而艾波歐尼爾想要贏得普立茲獎。但他們其實都只是想要尋求歸屬感和友誼。這就是為什麼他們能夠一拍即合。」
忍者龜電影怎麼可以少了暴力又浩呆的變種人疣豬「咆勃」和犀牛「搖滾萬歲」呢？塞斯羅根忍不住自己跳下來為咆勃配音。一部分是因為他認為這與他上次扮演《獅子王》的疣豬彭彭形成了有趣的對比。塞斯羅根大笑說：「我只為疣豬類生物配音！」從現在開始，他有可能成為疣豬專門戶。至於搖滾萬歲，則是由動作巨星和優秀喜劇演員約翰希南（John Cena）飾演。塞斯羅根說：「我有一個有趣的想法，咆勃和搖滾萬歲是兩個憤怒的紐約兄弟。我很喜歡約翰希南，無論我是咆勃還是搖滾萬歲，在我的腦海裡，最終都是可以互換的。但與約翰希南一起搭檔演出咆勃和搖滾萬歲是我希望可以實現的。」
