但既然片名有「第一章」，可見得接下來會有「第二章」，過去已經有許多票房大片，都刻意拆成上下集，例如《暮光之城》、《飢餓遊戲》，就連賣座電影《玩命關頭X》都標榜是完結篇的起點，都刻意留下懸而未決的結局，吸引觀眾再回來收看。但是湯姆克魯斯（Tom Cruise）希望《不可能的任務：致命清算 第一章》有一個完整的結局，讓觀眾可以心滿意足走出戲院。
導演克里斯多夫麥奎利（Christopher McQuarrie）解釋，「我們該如何結束這部片，對我們來說是一個很大的謎團。在整個製作過程時，即使晚上了，湯姆克魯斯只要一想到這件事，總會跑來告訴我們，『這不可以是那種懸而未決的，必須令人滿意。』」他們也會一直反覆檢查最後的那一場戲，不斷重溫、不斷改善。
導演說，假使結局是懸而未決的話，會有點期待觀眾自己會回來戲院，「我們不要那樣，我們所追求的是，我們希望觀眾可以感受到，不是我們敢賭你非得回來不可，而是讓觀眾內心覺得，『喔！我迫不亟待接下來會發生什麼。』」
當然大家都想知道預計2024年推出的《不可能的任務：致命清算 第二章》會怎麼發展下去，對此克里斯多夫麥奎利只是賣關子，談到這兩部片包括了所有他很想拍、但是始終無法拍的每一部片的題材，「包括了我一直想做的一切，身為一名電影人，我頭一回覺得很舒服，真的感受到了我的構思元素。」
不過《不可能的任務：致命清算 第一章》有一個設定，的確讓觀眾覺得「哇」，那就是未卜先知把人工智慧當成威脅人類的反派，畢竟美國演員工會（SAG-AFTRA）響應美國編劇工會（WGA）的罷工，主要理由之一就是希望限制人工智慧在電影、電視上的濫用。
克里斯多夫麥奎利說，「關於這點的最早談話，可能追溯到2018、2019年，當時我們在尋找下一部《不可能的任務》反派。我們拍過化學武器、生物武器、還有第3集的『兔腳』（天曉得那是什麼）。為了尋找新鮮感，我們往外蒐集資訊，我很早就跟湯姆進行討論，關於技術、資訊科技，現在大家都在討論人工智慧。當我跟湯姆提案時，我說：『兩三年前，這個說法對大多數人都太過前衛了。』我把它比喻為冷戰，當我長大時，冷戰正在發生，這是非常真實的，所以當觀眾去看冷戰電影時，不需要任何設定冷戰的威脅，就能感覺得到。所以我跟他的談話是，『人們給電影來了什麼？沒有冷戰、反恐戰爭，帶來新的事物，這是什麼？這是什麼焦慮。』」
他解釋1986年《捍衛戰士》（Top Gun）推出時，冷戰就是很真實的，那部片告訴觀眾，最後一切都會好轉的。至於《第二章》，他提示觀眾假使覺得《第一章》好像很迷幻，保證《第二章》會被嚇壞。
同時他也語帶驚人表示，自己也不知道《不可能的任務：致命清算 第二章》的結局是什麼，所以無法提早劇透，「我知道結局是什麼，只是不能保證當我們拍完時，會有結局。」這是因為他跟湯姆克魯斯，從來不會執著於一成不變的計畫，他們早就學會了拍片過程要有方向、要有目的地，但過程中總是會有各種狀況，不管是發生疫情，還是現在的演員工會罷工，總是不斷機動調整。
導演克里斯多夫麥奎利回到《不可能的任務：致命清算 第一章》的結局，「結束所有外景拍攝後，我把大家都集合到英國攝影棚片場，聚集在火車的紅色車廂上，『我不知道這部片會如何結束，但我知道會以這輛車結束，我只知道這些。』果然，確實如此，這部片的的確在這輛列車廂上結束。」
