蔡秋蘭先後擔任台南縣議員與縣市合併後的台南市議員共7屆,起先為無黨籍,後加入民進黨,一度因為在議長投票遭質疑跑票而報請開除,2020年恢復黨籍。
近日蔡秋蘭被檢舉,涉嫌在縣市合併後第一屆台南市議員期間,透過親友當人頭,詐領助理費高達數百萬元。台南地檢署14日搜索其研究室、服務處、住家等6個地點,帶回包含蔡秋蘭在內等4名被告、5名證人進行偵訊。
檢方漏夜複訊,蔡秋蘭今凌晨以50萬元交保,另2名黃姓被告10萬元交保、程姓被告5萬元交保,5名證人則請回。針對藍營質疑這起案件是綠營內部派系鬥爭,與前議長郭信良的案子有關,檢方則否認此一說法。