柯文哲於《漫畫柯文哲》擔任故事原創，並在序文提及對台灣漫畫的看法，其中最讓台漫圈不解的，是他說「目前在台北市的西門町和華陰街有動漫基地，但是我去參訪時，發現裡面的書架上，擺最多的是來自日本的少女浪漫漫畫，還是沒有看到用漫畫來探討重要主題。」此話讓不少台漫工作者在臉書指正表示，位於華陰街的是「臺灣漫畫基地」，1樓有「基地書店」，其中95%都是販售台灣漫畫，擁有台灣市面上最豐富齊全的台灣原創漫畫作品，柯文哲的說法明顯與事實不符。
另外，柯文哲還指出「台灣與日本社會型態相近，但是在台灣，漫畫向來好像只是小孩子的事情，對大人而言純屬博君一笑、娛樂搞笑用的。」「我還記得小時候看的漫畫《阿金與機器人》《阿三哥與大嬸婆》，到高中時期看的《老夫子》《好小子》，再到年輕時看的《烏龍院》四格漫畫。報章雜誌上偶爾會有一兩張政治漫畫，但很少有專屬大人看的漫畫書；在台灣，比較不常見用漫畫來呈現嚴肅議題。至於《諸葛四郎》則是我上一輩的事，我倒是沒看過。」
其中柯文哲說「沒有看到用漫畫來探討重要主題」「在台灣，比較不常見用漫畫來呈現嚴肅議題。」也讓業界認為與現實有落差。事實上，近年台灣原創漫畫題材從文化歷史、職人、兒少議題、童年創傷到文學轉譯漫畫等，可說是愈趨多元，也不乏用漫畫來包裝嚴肅議題的作品。
