據日本《讀賣新聞》與《NHK》報導,塔台的通訊紀錄顯示,在2日下午5時45分11秒,塔台指示海保機「停在C跑道前」,海保機複誦後開始移動。不過,塔台沒有指示海保機進入跑道,但海保機卻已經把機身進入C跑道,隨後在下午5時47分30秒和日航發生相撞事故。
調查人員發現,海保機停在C跑道上約有40秒的時間,但期間塔台方完全沒有注意到,依然持續對日航下達降落指示。當時執勤的塔台人員也承認,由於當時正忙於飛機調度,因此沒有意識到海保機機身停在跑道上。報導指出,羽田機場共有4個跑道,一整天都會配置15名塔台人員值勤,每個跑道在一個時段內一定會派有2名塔台人員控管,因此現在調查人員也將進一步調查,事發當時C跑道的塔台人員是如何分配工作職責。
另一方面,海保機機長宮本元氣在這起事故中重傷,而他目前的傷勢較為穩定,已經接受警方偵訊,傳出他在偵訊期間頻說「對不起」。機長在偵訊中表示,事發當時與日航相撞後,保安機的後半部已經起火,當下他也不知道發生什麼事情,後來隨即發現已和隊員無法聯絡。不過機長與海上保安廳仍主張,事發當時認為已獲塔台方指示,准許進入跑道,所以海保機才會出現在C跑道上。