在第一季的結尾，神祕死亡案件的幕後推手終於被揭露，鑑識官方毅任與失散多時的女兒江曉孟，最後一刻因親情和解。第二季的故事則從江曉孟離開觀護所，回到父親身邊。而方毅任也離開了鑑識官的工作，與曾是記者的徐海茵一起展開新生活。只是緊接而來發生一連串的死亡事件，讓方毅任再次成為頭號嫌疑犯，不只牽扯出15年前他經手的情殺案，連同恩師林景瑞也遭到外界質疑。方毅任與刑警趙承寬、法醫薛欣寧攜手調查，趕在真凶之前解開謎團。
再度演出不善言詞的方毅任，讓張孝全剛開始拍攝時有些徬徨：「老實說這次壓力蠻大的，因為這次在方毅任的身上，不像第一季目標那麼純粹簡單，在這季他將會碰到很多人生課題，包含自己與女兒曉孟之間的關係修復、理解別人與社會化的過程，拍的時候心蠻累的，對我和對方毅任來說都是一個全新的挑戰，這一季你可以看到更多方毅任與人相處的狀態。」
有別於第一季的徐海茵，是追逐頭條維生的社會新聞記者，第二季轉變為基金會公關，許瑋甯說：「當海茵變成基金會公關的時候，我認為她終於可以做真正對社會有意義的事，但在拍攝的過程，有很多細節是我覺得曾當過記者的海茵不會放過的。那就是那種記者的敏銳度，所以會想要問更多，真的蠻好玩的。」
至於兩人在第一季只是單純的查案拍檔，到了第二季關係則轉變為情人，也隨著案情節節升高，陷入了工作與愛情的兩難。許瑋甯說：「我跟方毅任的感情有這麼乾柴烈火嗎？確實有一些場次兩人之間內心的感情是非常濃烈的，這一季中，我、曉孟和方毅任已經是一個非常堅固的家庭關係，但徐海茵跟方毅任都不是會激烈分享自己愛的人，就像是越親近的人往往會越難表達愛。」
談到兩人的合作，張孝全也透露：「我覺得在這一季很驚艷的是，能夠看到海茵更多不同的面向，像是兩人戀人關係的互動發展上，除了看到方毅任在亞斯伯格特質下，如何跟戀人相處，也會看到海茵她精明幹練獨立的性格外，在談感情的狀態裡，她會是什麼模樣。」預示第二季除了劇情節奏緊湊的命案發展，也將有許多寫實情感議題。
《誰是被害者》表現亮眼、以江曉孟獲得第55屆金鐘獎戲劇節目最具潛力新人獎的李沐，再次演出讓她拿獎的角色「我在開拍前原本還有點擔心自己找不回曉孟，沒想到在開拍當天看見孝全哥後，就有種瞬間喚醒曉孟的感覺了，只要爸爸在就會非常安心，可以再跟這個故事裡面的包含孝全哥、瑋甯姐或是整個團隊裡的不同演員，一起延續這個故事，對我來說是意義非常重大的。」
第一季的江曉孟比較像是連環命案的策劃者、藉此向社會提出控訴，到了第二季則要與父親展開全新的生活，不只同住在一個屋簷下學習和彼此相處，身份也從「遺願殺手」轉職「命案現場清潔師」。為能揣摩這個新身份與曉孟看見命案現場的心境轉折，李沐投入大量觀察、蒐集相關參考資料，回想當時拍攝現場的感受，李沐也直呼美術組真的太強大！第一次踏進陳設好的命案空間時，因為實在太逼真了，真的有被現場凝重的氛圍和眼前血淋淋的畫面嚇到，每個細節都讓人可以馬上進入情緒，甚至有些命案因為已經發生一陣子了，地上還會爬滿蛆！
李沐說：「但這樣有些緊繃、害怕的感受也剛好和曉孟初接觸『命案現場清潔師』時的狀態很像，身體其實會很自然地作出反應，第一次看到直接本能的反胃了。」她表示命案現場清理是這一季對曉孟來說最有影響力的事件之一，這份職業帶給曉孟很大的轉變，她很希望能在場次之間呈現出她對於生命價值觀的改變，以及想要找到存在價值的意念。
