民眾黨立院黨團主任陳智菡21日貼出柯文哲背影照，心疼柯於COVID-19疫情期間盡心守護，但世界對他卻剩汙衊。對此，台大婦產科醫師施景中發文直指，因流言稱BNT疫苗會引起嚴重心肌炎，導致沒人敢打，台大教授就提案「讓學童在施打前和施打後3天，各做一次心電圖」，盼時任台北市長柯文哲能給予經費補助，但柯卻稱「那是你們自己要做的研究，關我什麼事？」
精神科醫師沈政男今（23日）則發文聲稱，柯文哲2021年10月初提案「接種第2劑BNT前後，都做心電圖檢查」，遭中央流行疫情指揮中心眼中的一些防疫專家的反對，指揮官陳時中也不認同，「真的，打柯恨柯，要有個節制，在那邊顛倒是非、指鹿為馬，不好吧！」沈不忘替捲入京華城案的柯護航，聲稱柯沒有圖利，更沒有收賄，「把盡心盡力為台灣打拼的人講成十惡不赦的壞蛋」。
針對外界關注台大醫院「以心電圖篩檢早期偵測BNT新冠肺炎疫苗引起的心肌炎」研究提案，疾管署今日說明，2021年10月9日指揮中心記者會，有記者提問此事並露出後，即收到台大醫院主持此案醫師主動來訊說明並非接種前例行以心電圖篩檢，而是在接種第2劑後以心電圖早期找出心肌炎個案，並說明該研究提案當時已在進行人體研究倫理審查，審查通過後將以公文請台北市衛生局報指揮中心同意後才會執行。
疾管署提及，2021年10月20日指揮中心收到台北市嚴重特殊傳染性肺炎流行疫情指揮中心就上述研究提案來函，亦已於同年11月4日回復北市敬悉此案（即同意備查），並同時副知台大醫院。綜上有關外界所謂「遭指揮中心防疫專家反對、指揮官也不認同」為誤解，此研究提案於該日記者會記者提問後，經台大醫院醫師來訊、北市來函說明台大醫院研究提案內容後，指揮中心即回覆同意台北市及台大醫院執行此案。
疾管署指出，心肌炎為接種新冠疫苗後罕見的不良反應，疾管署2023年公開發表於「微免與感染期刊」的資料顯示，新冠疫苗後心肌炎以12至17歲男性接種第二劑BNT疫苗發生率最高，為百萬分之126.79，與國際間報告之萬分之一發生率相近。台大醫院則指出，相關研究結果看起來，副作用是很輕微的心肌炎及心律不整，都是很快就可恢復的，研究結果也有發表在國際期刊。
