針對賴清德提出的「祖國論」，朱鳳蓮昨不滿表示，這是透過突顯兩岸政治分歧、蓄意割裂兩岸歷史聯想，繼續兜售其「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」的「新兩國論」，箝制台灣同胞的國家認同、民族認同。她還提到，台灣是中國的神聖領土，「歷史經緯清晰、法理事實清楚。」並嗆聲無論賴清德拋出什麼樣的「歷史悖論」「台獨怪談」，都改變不了兩岸同屬一個中國的客觀事實，扼殺不了台灣同胞的祖國意識。
對此，陸委會昨回應表示，賴總統國慶晚會的談話闡明「兩岸互不隸屬」客觀事實與台海現狀，並強調中華民國作為主權獨立的國家，已經持續繁榮、發展113年，而中華人民共和國自1949年以來也從未治理過台灣的客觀事實。國台辦的說法讓台灣民眾看清，中共自視為中國唯一合法政府，根本不讓中華民國有生存空間，中華民國要繼續存在，只能靠全國人民共同努力，絕不能依賴中共刻意包裝、隨時可以改變的善意。陸委會再次呼籲中共當局，唯有尊重中華民國存在的客觀事實，並以此一客觀事實為出發點，兩岸才有進行良性互動與建設性對話的可能。
民進黨立委林楚茵今（9）日也po文回應，國台辦連「中華民國」也視為「台獨」，從國台辦記者會內容來看，就是「中共自始至終仍自視為中國唯一合法政府，根本不讓中華民國有生存空間」。她也反問國民黨，「還要當中共附隨組織嗎？」她奉勸國民黨們不要再幻想，「全世界都在挺台灣，反對曲解2758決議，支持台灣參與國際組織，只有國民黨黨團為反而反，甚至鬧場朝野協商，搞砸台灣國會共同決議！」
林楚茵不忘再度重申「兩岸互不隸屬」，強調這就是客觀現實也是台海現狀，賴清德總統的國慶晚會談話已講得很清楚，「中華民國作為主權獨立的國家，已經持續繁榮、發展113年，而中華人民共和國自1949年以來也從未治理過台灣。」她更批評國民黨，想討好中共被打臉，「又不敢面對國際支持台灣國際參與，連台灣人都唾棄！」
