馬英九15日抨擊賴清德兩岸論述，他稱台灣主流民意希望兩岸和平，但賴上任拋出「新兩國論」，追求台獨，把台灣帶向險境。馬更質疑，中華民國只不過是台獨人士用來借殼上市的工具。民進黨立委沈伯洋16日轟馬的論述是有害，甚至應該是違法，《刑法》應訂定相關行為樣態，更直言這與叛國無異。
有國安人士指出，馬英九砲轟賴清德的「新兩國論」被中共大量引用，更作為對台軍演的藉口。有媒體詢問，馬英九的言論究竟是被動操作或主動配合？國安局長蔡明彥16日回應，相關動機他無法臆測，但中共對台灣進行認知作戰，對岸確實會鎖定部分政界人士來發表中共比較期待的政治論調。
馬英九基金會執行長蕭旭岑16日痛斥蔡明彥附和綠營論述，他強調馬英九每句發言都緊扣著中華民國《憲法》卻遭惡意抹紅，且據《憲法》「台灣與大陸同屬一個中國」的發言，卻被曲解為呼應中共，莫非賴政府要開始「對內清洗」了嗎？更質疑賴把大陸說成另一個國家，不就是違憲的「新兩國論」？
謝志偉今（17日）於臉書指出，馬英九表面指控賴清德「把大陸排除在我國領土之外」，其實是想明目張膽地附和習近平「把台灣納進中國領土」的野心。「從這樣看起來，馬英九似乎是想回到蔣介石與毛澤東之間的對峙情況。」但謝直呼「才怪」，蔣介石及蔣經國總統均誓死反共、漢賊不兩立的。
「如今馬的言行和蔣氏父子剛好相反，一心一意在配合中共政權，想咬死台灣。」謝志偉強調，「中華民國（+）台灣」的總統不把「大陸視為我國領土」，就對應地破了「中共視台灣為中國領土」的基礎，從而落實了「中華人民共和國無權代表台灣」之謂。「這也是為什麼馬英九會如此氣急敗壞之故！」
