知情人士向本刊說，北所的忠一舍、孝三舍屬於重刑犯房、忠二舍、孝二舍則是死囚或無期徒刑犯房，忠三舍是禁見房和犯則房，至於柯文哲住的孝一舍，大多關押身分特殊人士，如沒有暴力犯罪傾向的公務員、警察或外國人等，因此又被資深所方人員暱稱為「保護舍」，以免人犯關押期間遭「非人道待遇」，甚或爆發案外案。
至於柯文哲為何沒被關在俗稱「名人套房」的忠三舍？據了解，因忠棟舍房早已人滿為患，每間2坪大小的舍房，不到一個汽車停車格的空間，所方若執意把他押進忠三舍，恐擠成三或四人房，加上柯曾參選總統，依照獄政穩定做法，通常會避免這類人和幫派、毒品犯同籠，而是多挑選白領犯罪者為室友，基於上述考量，才安排他押在孝棟舍房一樓的孝一舍，同房牢友也是沒有暴力傾向的詐欺案車手。
依照北所作息規定，每天早上6點50分起床點名、吃早餐，晚上九點準時熄燈就寢，期間除了提訊或律見，柯大部分時間都或起或坐看書、看電視或冥想、打坐，他住的孝一舍囚房離中央台較遠，地上堆放二、三十本有關歷史及管理的書，日前他起床時頭部不慎撞傷，所幸沒有大礙，也不影響放封，仍和往常一樣，從舍房另側蓋有採光罩遮蔽媒體拍攝的通道，到戶外舒展身心。
相較阿扁過去身穿囚衣及藍白拖，在忠舍與仁舍間的花圃空地做體操及慢跑畫面多次被媒體披露，柯文哲放封的身影則從未曝光，兩者待遇大不相同，實因監所近年致力提升人權，不但避免人犯遭媒體拍攝，連冬天也有熱水澡可洗，並推動一人一床，待遇已有所改善。
雖然柯文哲的舍房在一樓比較不熱，但依規定，收容人不得赤裸，在押人犯也不用下工廠，他遭收押前期仍是夏天，就算覺得熱，也只能穿著內衣跟四角褲窩在舍房。
此外，北所除了全天候透過中央台監視器關注人犯的生活起居，避免有人遭霸凌、欺負，柯文哲日前主動要求剃光頭，及得知財務總管李文宗遭收押後拒絕提訊出庭，所方人員和他接觸、對話都配有密錄器自保，以免將來遭反咬，例如他賴在囚房不出庭，向所方人員大嗆：「我不為難你們，難道你們不覺得這是政治追殺？」就全被錄下，後來傳開，很多人都對他將貪污犯行包裝成政治迫害深不以為然。
