此次新增清單涵蓋多種動物，據動保司的分類理由，分為：
- A類：具有劇毒
- B類：公共安全危害
- C類：動物福利議題
然而，台灣兩棲爬蟲動物協會指出，許多物種被以「公共安全危害」和「動物福利議題」綁定列入禁養，且未公開具體評估數據，難以令人信服。協會更質疑，農業政策評估竟由工業技術研究院完成，未採用野生動物與特殊寵物專業單位的建議。
除評估作業由台灣工業技術研究院主導，缺乏專業性，相關數據也未公開。此外，清單新增955種動物，執行難度與地方政府人力成疑，動保司竟提出以安樂死解決問題，激起公憤。
協會指控，專家學者意見被動保團體主導的會議忽視，甚至遭受蔑視與高壓態度對待。況且，若「動物福利議題」成為主導政策，未來寵物市場多數物種皆可能遭禁，對兩棲爬蟲等特寵飼養者不公平。
而動保司與動保團體提出的「安樂死」作為收容不足的解決方法，對「不討喜」動物生命權的態度引發批評。動保團體甚至以「蛇年可能引發寵物蛇熱潮」為由，建議禁止飼養蛇類，被認為缺乏科學依據且輕視多元價值觀。
此次政策引發的爭議，顯示兩棲爬蟲等特殊寵物的飼養與管理面臨高度挑戰。在未來會議中，如何平衡公共安全、動物福利與飼主權益，並提升政策透明度與專業性，將成為各方關注的焦點。
然而，對於外界種種抨擊聲浪，農業部回應表示，若現有飼養「禁養物種」，飼主完成申報後仍可繼續飼養。此外，農業部也強調各國對外來物種的管理均採嚴格管制，未來也將依據各團體建議持續進行滾動檢討。
農業部舉例，現外來種綠鬣蜥滿街跑、危害農作物，抓也抓不完，就是棄養所導致的現象，因此外來種不應輕易開放飼養，以維護生態及環境，降低社會成本。
