《暗黑雨港城》編劇達達烏拉拉解釋：「基隆背山面海、氣候多雨，神祕且壓抑，適合發展懸疑故事。我們想塑造一座如《蝙蝠俠》高譚市般的犯罪城市。」兩名主角性格迥異，形成強烈對比，「透過不同價值觀的衝突，增加張力。」
達達烏拉拉從「疑案辦」閱讀資料後，決定改編2002年的雲林崔曉菁命案，強調家庭對人的影響，盼引起讀者共鳴，「親人是幸福的來源，但也可能帶來痛苦。」創作時避免加入太多奇幻元素，以保留案件真實感。另外為了符合劇本需求，也取材2006年汐止母女三屍命案，豐富故事層次與張力。
「除了正義的一方，有魅力的反派角色也能增加娛樂性，成為賣點。」達達烏拉拉表示，漫畫中的惡勢力「解放犯」用犯罪解放心結與欲望，展現人性的複雜與陰暗面，是推動劇情的重要元素。漫畫家Naka則提到，為了突顯「暗黑」與「雨港」的氛圍，她採用大量黑白色塊，營造朦朧陰鬱的基調。
Naka表示，《暗黑雨港城》第1集分鏡由另一名分鏡師完成，她在作畫時需進一步轉化為完整畫面。「分鏡多以簡單的『火柴人』形式呈現，因此角色的動作與表情要進一步細化；另外，在有情節張力的地方要適時以『破格』方式處理，強化視覺效果。」
