皇昌在柯文哲擔任台北市長期間，也得標萬大樹林線捷運工程、忠孝橋引道拆除、環南市場改建、世大運選手村等工程，公司董事長江程金還因此被立委稱為「柯友友」。他近來登上媒體版面，則是因在柯文哲京華城弊案中，曾捐100萬元「乾孫費」給柯市府的副市長彭振聲而遭調查。
知情人士指出，皇昌與泛亞得標的三接第2期工程費大增，至今進度正常，但該團隊在第1期工程卻一直出包，不僅工程品質遭質疑，至今竟有7名工人在施工過程中不幸喪命，因此狀況太不尋常，勞動部職業安全衛生署也看不下去，曾在7月發文中油要求改善。
本刊調查，7位不幸喪命的工人，包括本國及外籍人士，其中2019年在台北港的沉箱拖放意外，造成6名泰籍與1名我國籍工人落水，其中3人不幸身亡，去年又接連發生3起死亡事件，包括潛水員昏迷、外籍工人遭浪捲走身亡等工安事故。勞動部公文指出，三接工程去年至今年7月發生多起重大職業災害，造成人員死亡，要求中油依《加強公共工程職業安全衛生管理作業要點》執行扣款、暫停工程款、撤換人員、終止契約等懲處措施。
據知情人士指出，三接1期的防波堤沉箱規格為長寬高各25公尺，若施工水泥比例不符規範，或摻料化學成分錯誤，鋼筋會與混凝土分離，整個結構就像豆腐渣。在施工過程中，藻礁公投推動聯盟就曾指出，沉箱工程中有15座本體結構破裂，混凝土大面積剝落、鋼筋嚴重外露，危及三接工程安全，後來還發生工作船擱淺，導致藻礁受損而遭監察院糾正。
遭檢舉浮報百億元的三接2期案，2022年由皇昌營造與泛亞團隊得標，知情人士指出，由於經費充裕，傳出皇昌大賺百億元， 因此投資買船不手軟，豪砸數十億元買入用來施作落管拋石的「皇昌99號」等作業船。
工程界人士表示：「當初說是為了保護藻礁才外推，如今看來只是為了推更貴的工程。」三接案意外及爭議頻傳，如今又爆出浮報經費檢舉案，若屬實，涉案者恐涉及《貪污治罪條例》的圖利或浮報經費罪，最重可處無期徒刑。真相為何？有賴司法進一步調查釐清。
