吳豊山日前宣布請辭，並透露為了與中國恢復交流，曾嘗試透過多方管道，然而卻遭已讀不回、未有成果。邱垂正今（23日）受訪指出，在中共對台灣統戰滲透無所不用其極的兩岸環境下，吳豊山仍積極在突破中國所設的兩岸障礙，為兩岸和平、正常交流盡心盡力，要推崇他的貢獻還有努力。
邱垂正認為，吳豊山很具體提及兩岸和平對兩岸人民、發展至關重要，這是發人深省的，希望中國能減少對台僵化思維與負面作為，各種敵意思維都應減少，兩岸應該恢復正常、健康有序的交流，用善意堆疊，才恢復過去兩岸的良性互動。政府與海基會、陸委會會努力打造良性互動的條件。
至於海基會董事長繼任人選，邱垂正指出，會依照海基會章程及政府行政程序，會在適當時間對外說明。邱垂正表示，儘管中國不斷釋出對台敵意作為，對兩岸關係的敵意螺旋並非好的互動狀態，「但我們還是會沿著既有的政策方向來善意堆疊，希望營造一個良好的兩岸氛圍。」
邱垂正也希望中方別再製造交流的障礙，然中方只讓藍營立委赴中，卻不讓海基會去，這是區別對待、製造障礙，「你看我們吳董事長很努力在突破，也釋出了很多善意，難道他們沒有感受到嗎？所以是誰設置的障礙？是誰還在以敵意思維、負面作為在樹立高牆？吳董事長努力的過程已經說得很清楚了。」
