根據JR北海道調查，21日上午約8點20分，一列由岩見澤出發（7時23分發車）、抵達函館本線瀧川站的2輛編組區間車，其司機員發現車內無線電麥克風的配線接續位置有誤，隨即向總部調度所通報。
這項配線錯誤造成了嚴重的安全隱患。在「單人操作」模式下，若司機員因突發狀況失去操作能力，該裝置本應自動向調度所發出緊急訊號，但受配線錯誤影響，該功能在當時完全失效。調查發現，起因是作業人員在進行無線電搭載工程時，不慎接錯了配線。
值得注意的是，這項無線裝置是日本《鐵道技術標準省令》中明文規範的必要設備，規定凡是行經2公里以上長隧道的單人操作列車皆必須配備。該問題設備自16日安裝後，在21日被發現前，已載客通過長隧道共4次。雖然這段期間並未發生任何司機員身體不適或其他異常事件，無線電的其他通訊功能也維持正常，未釀成實際意外，但仍違反安全作業規範。
作為緊急應變措施，JR北海道已於昨（22日）前針對同形式的22輛車輛進行全面性一對一檢查，確認其餘車輛配線皆正常無虞。JR北海道表示：「為避免類似安全疏失再次發生，將深刻檢討並重新制定作業流程，同時強化施工後的確認體制。」
