有專家指出，該校近年爭議不斷，曾爆發2名教師長期性侵及性騷擾學生，也傳出暴力體罰學生，去年2月監察院糾正文中，除了痛批校方處理性平案時吃案，更直指該校著重傳統教育「訓練」，默許某些教師及高年級學生，以暴力方式對待學生，形成霸凌權力結構；另外，該校學制要住校，從早到晚的訓練模式，也被認為難以遵循108課綱。
本刊調查，該校去年國小部新生報到人數僅16人，今年9月即將停招；而去年國中部的音樂科、歌仔戲科、客家戲科的新生缺額率也高達81%，招生人數如雪崩般腰斬，就連從小學起培育的學生，選擇直升四技部的人數也寥寥無幾，可說幾乎面臨學校存廢的重大危機。
本刊近日還接到一封透過民代投書教育部的陳情，有學生家長認為該校讓國小、國中生與高中、大學生混齡學習，共處校園與宿舍，導致性平與霸凌事件層出不窮，紀律和校園風氣逐年惡化，校園管理和行政體系都很有問題，加上該校近年爭議不斷，呼籲教育部等權責單位應介入調查、整頓，才能還給師生安全的校園。
面對該校存廢問題，教育部則回覆，戲曲學院去年3月底校務會議中討論停招國小部（含京劇學系及民俗技藝學系），決議通過，不影響已入學的國小生，校方也召開親師座談會說明停招規劃及學生受教權益相關事宜，並在網站公告，教育部考量學校已完成停招資訊公告及對家長說明，未接獲學生或家長提出異議，同意該校自115學年度起停招國小部，其餘學系、學制不變。
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