邱太三表示，檢方新收案件增加三分之一，人力卻增加不到四分之一，為了提升檢察官辦案品質，除將為檢察官爭取人力、物力及減輕案件負荷，並自我要求以精緻偵查為目標。
邱太三說，檢察體系改革的第一階段先研議三大方向，首先，就案件起訴部分，法務部將研議提高起訴門檻，以高標準起訴門檻杜絕外界濫行起訴質疑。具體改革做法除將強化團隊辦案模式，未來重大案件由主任檢察官共同具名，特殊重大案件由起訴檢察官共同蒞庭，還要調整一、二審檢察署人力，增設一審主任檢察官缺額，一審檢察官改為三到四人一組，鼓勵有經驗的幹練檢察官留任一審，必要時將調播二審人力到一審。
其次，針對不起訴常引發外界質疑案件簽結部分，法務部也研議相應法院，引進人民參與審判，將參考日本制度，初步研議將無告訴人的重大不起訴案件，交由人民參與的檢察審查會審查，改變現行職權送請上級審審查機制，並擴大及於簽結案件。
人民審查會由一般民眾組成外，另加上學者、退休法官等審查會審查，檢察審查會認為偵查不完備，得建議檢察官再行偵查，若檢察官仍認為不起訴，檢察審查會認為應行起訴，得聘請律師向法院起訴，希望達到偵查透明化的一大步。
第三、防弊部分，針對草率辦案將研議強化檢察官的個案評鑑，不但要增加評鑑委員會的外部委員，並放寬個案評鑑時效，從現行的兩年延長到五年，並賦予評鑑委員會直接處分權，而非懲戒建議權，並增加懲戒種類，例如書面建議、教育課程。
