但因為中研院基因體中心隨即通過翁的特聘研究員一案，也讓包括中研院院士在內頗有微詞，除此之外，今年又爆發另一新爭議，前中研院生物多樣性中心主任、中研院院士李文雄也在今年1月的院務會議中，出席過半數同意續聘為特聘研究員，並一任5年，院士李文雄榮獲諾貝爾獎等級的Balzan Award，符合不受年齡限制的條件，但也遭中研院內部研究人員暗諷：「今年已經75歲的李院士，5年後就是80歲高齡，絕對是全台灣最老的公務員。」
不少中研院內部的研究人員不滿，認為雖然院士擁有崇高的學術成就，但畢竟年事已高，繼續領高薪做研究對於其他領域的學者來說，等於是繼續霸佔資源，年輕一代的傑出學者始終無法出頭，雖然一切都合法，但觀感不佳。
更有學者抱怨，李文雄院士長期以來都不斷招收研究人員，更讓自己的徒子徒孫進入中研院內任職，等於是一直在擴大自己的勢力範圍，並以大批勢力競爭研究經費，對其他無派系的研究者來說一直倍感壓力。
對此中研院則是回應，院務會議中是經過匿名投票後，李文雄院士以高票同意續聘為特聘研究員，加上李院士獲得過諾貝爾獎等級的獎項，本來就不受年齡限制。
