住持釋懷宗禪師在2002年7月與魏明仁簽約，金額是新台幣7130萬元，但魏明仁未按圖施工，「鼓樓」「鐘樓」「迴廊」，拚命地建，但最重要、也是住持最在意的大殿、寮房，至今還沒動工，且經費從7130萬元增加到8000多萬元、1億多元，釋懷宗大為恐慌，要求暫時停工。
魏明仁利用比丘尼的單純，表示要他蓋大殿、寮房也不是不行，住持必須開本票作為保證，好讓他安心；釋懷宗說，她根本不曉得什麼是本票，更弄不清楚本票的法律效力，只想說要人家按照自己的意思做事，得先讓人家安心，於是簽了3張金額分別是800萬元、818萬元、2023萬元的3張本票，以為給了「安心本票」，魏明仁就會乖乖蓋大殿，沒想到卻是災難的開始。
事實上，在住持師父簽下本票之前，實際已經支付了7400萬元；加上支付本票的錢，廟方付了9928萬元，但魏明仁竟將3張本票拿去法院申請裁定，取得債權，霸佔廟產。
魏明仁將碧雲寺變成共產黨基地，文化局長陳文彬前往勘查，竟遭攻擊落荒而逃，這些共黨狂熱份子宣稱，他們擁有合法債權，法院多次開庭，都是他們贏，這個陳年舊案，是台獨份子想藉機政治操作；魏明仁妻子還否認住持師父有支付本票的錢，甚至反控廟方欠錢不還，找黑道滋事。
台灣共產黨 早已覆滅
台灣共產黨1928年4月15日成立，主要幹部包括林木順、林日高、翁澤生、潘欽信、張茂良、謝雪紅等。根據共產國際「一國一黨」的組織規定，台共隸屬日本共產黨領導的「臺灣民族支部」，日治時期被總督府視為非法組織加以取締。
台灣共產黨是日治時期唯一明確提出台獨主張的政治組織，而且成功滲透台灣農民組合及文化協會；1931年9月黨員遭大舉逮捕入獄，宣告覆滅。
而魏明仁自稱台灣共產黨，其實與真正台共不但無淵源，也沒有獲得中國正式承認。
