聯醫人士指出，柯文哲當上市長後，陳佩琪夜間門診時，不時會有不明人士闖入尋求跟市長夫人陳情，醫院才會在人少的夜間門診時段加派警衛。
陳並曾跟友人感嘆，有時夜間看診到晚上11點，一出診間只剩下警衛，走出醫院已經沒什麼公車，只能從醫院搖搖晃晃的一路走回家，為此友人私下虧她市長夫人還做得這麼窩囊，陳也只能苦笑回應。
知情人士說，陳佩琪今年升任市立聯醫婦幼院區新生兒科主任，已準備向30年的公職生涯告別，但陳曾私下向友人表示，她不可能就此真的退休，「少我一份薪水對他（柯）壓力很大。」因此還向台大同班同學求援，希望在各大醫療院所服務的同學們，能夠幫她尋覓合適的工作。
