國民黨大選慘敗後，藍委掀起黨團自主聲浪，認為大黨鞭應改由立委直選，不再由黨中央指派，讓黨團運作更貼近民意，洪秀柱則打破政策會執行長由黨籍立委兼任的慣例，黨中央與黨團關係日益疏遠，從黨產議題、兩岸政策到反核食等重要議題，黨中央與黨團「不同調」，黨團只能單獨作戰，藍委還戲稱自己是「孤兒」。
國民黨主席選舉競爭激烈，各組候選人紛紛尋求立院黨團支持，吳敦義則不斷強調，民代與黨內各級代表的重要性。他日前也宣布將任命黨團總召為政策會執行長，或擔任副主席兼政策會執行長，都讓藍委感受到尊重，以及黨中央與黨團力量將合而為一，不再是兩條平行線，重新找回國民黨戰力。
藍營人士分析，吳敦義資歷完整，歷任民代、縣市首長，加上黨務與行政經歷豐富，面對國民黨僅剩35席立委，席席珍貴，未來上任後，勢必重新整合黨中央與藍委關係，除了重建智庫、讓黨團與政策會溝通管道，多數藍委寄望，政策會若能源源不絕的彈藥支援尤其重要，讓藍委在外打仗不需擔心被「扯後腿」，能夠專心面對前瞻條例、年金改革促轉條例等重要議題。
蔡英文總統民調低迷，國民黨必須重新振作，提出更貼近民意的的主張，讓國民黨重新回到人民的選擇之中，吳敦義上任後也要面對家道中落的現實，對於即將到來的2018、2020選舉，除了想辦法募款外，也要走出一條有別於之前選舉的老路，讓國民黨能再起，種種困難均考驗新任黨主席的智慧與能力。
