本刊調查，2006年中影交易案爆發減資糾紛後，蔡正元擔任中影董事長時提出減資申請，並把5億多元的減資款匯入其所掌控的阿波羅公司，但國民黨並不同意，雙方撕破臉。2007年6月，國民黨中央投資公司向蔡正元提出假扣押及假處分，並以國民黨立委提名權影響力，要求蔡正元交出中影經營權及董事長職務。
當時蔡正元不甘示弱反擊，在各大報刊登廣告，表示一切行為均是受國民黨及馬英九所託，為馬英九處理三中難題，並為國民黨充裕競選資金，過程中拿些薪水、有些好處，也無可厚非、沒什麼大不了。
2016年3月，國民黨正值黨主席補選期間，蔡正元在臉書又提到中影案回算分潤機制，並且指控這些錢究竟跑哪去，只有黨主席知道，等於公開質疑馬英九全知情，而回算機制也是中影交易案最可疑之處，暗藏諸多可以動手腳的地方。
檢方此次羈押蔡正元後，情出現重大轉折，是因為蔡正元曾說是受馬英九所託處理中影案，還指控馬英九對交易金流知情，一旦蔡正元能夠供出交易內幕，中影交易弊案真相可望水落石出。目前北檢針對蔡正元侵占減資款案及三中案的中影賤賣案，表面上分由不同檢察官承辦，但隨著案情發展，機動併案向上偵查的機率大增。
對於檢方偵辦蔡正元案後，案情隨之向上發展，前總統馬英九辦公室發言人徐巧芯表示，馬擔任國民黨主席時處理黨產立場清楚坦蕩，公開授權，公正無私，個人廉潔更可接受最嚴格檢驗。
徐巧芯指出，三中案經過特偵組多年詳細偵查，2014年已查無不法簽結。蔡正元處理中影產權，涉嫌侵占、背信案是他案，但有心人士長期刻意抹黑馬處理黨產圖利他人，居心叵測，相信時間必能證明，濁者自濁，清者自清。
