扁認為長庚醫療團隊已鑑定認為，他的身心狀況不宜出庭，但曾德水法官卻執意傳喚他，且在他請假後，曾德水又於法庭上針對他出席凱校餐會、將出版口述歷史等情況，作出不利他的解讀，明顯有偏頗，不料他聲請曾德水迴避，卻遭駁回，為維護司法人權，將提出抗告。
扁的律師團認為，高院以扁無法舉證曾德水有何具體偏頗事證，裁定他不必迴避扁案，而扁要向最高法院抗告，必須是法律上的原因，目前看來，是有相當難度，但為維護扁在司法上應有的公平審判權利，將提出抗告，以表達嚴正的立場，但目前尚未收到裁定書，會在收到裁定書後再決定如何進行。
扁5月19日出席凱校餐會，並發表錄影演說後，二次金改案承審法官曾德水發現，扁除了公開活動，還即將出版口述歷史，為查明扁是否已恢復建康而能出庭受審，於6月7日向高鐵公司板橋站、左營站調閱扁5月20日進出站錄影畫面，以了解扁身心狀況，扁認為曾德水有偏頗，還在開庭時對旁聽媒體放出對他不利訊息，聲請曾德水迴避。
高院認為，扁為前國家元首，本案為社會矚目案件，動見觀瞻，扁生活作息一舉一動，媒體皆大幅追蹤、報導，而媒體消息來源不只法院，還有其他直接、間接管道可查詢，扁指稱曾德水法官向媒體放話，利用媒體製造不利扁氛圍，進而推論曾德水法官對本案有偏頗之虞，不僅無據，更屬揣測，高院認為，曾德水法官依職權本應調查扁身心狀況作為訴訟進行與否參考，並無偏頗之虞，扁據此指曾德水法官偏頗，應有誤會，且有主觀臆測之嫌，日前駁回扁的聲請。
