檢視關務署該案招標文件內容，首先要求投標廠商資本額不得低於招標預算1/15，細數國內賣過X光機的現有代理商已全數失格，且投標廠商應具備此案固定式貨櫃檢查儀類似之「履約實績」，據此即使國內大型廠商有意投標，但因無法援引國外原廠實績，也將被摒除在外。此規範與國際商用慣例不符，同時也與WTO政府採購協定GPA相違。
其二，標案付款幣別為新台幣，外廠怎麼可能輕易將9億多元貨款交給代理商，也就是在台灣必須設有分公司才能投標，但短期內顯然不可能。
埋在標案中更大的變數是這筆經費來源，涵蓋2017年第二預備金和2018年度預算，當初在閱覽公告期間相關預算來源都還沒核定，關務署卻要求得標廠商必須在2018年4月30日和6月30日前，完成第一批檢查儀交貨、組裝、測試及教育訓練，第二批交貨期則規定自通知日起不得「少」於270天，而非限制廠商交貨不得逾期，無異劃地自限。
另外，廠商必須在公告閱覽30天內分赴基隆、台中和高雄三地，勘察場地現況、著手儀器、屏蔽設施和電力規劃等，姑且不論時間緊迫，還規定高雄關場地如有變更、改善需求，機關保留最後決定權，相關費用全由得標廠商埋單；廠房建構都需要申請建照，諸多不合理的資格限制和期程不確定性都令其他廠商聞之卻步。
除了資格對特定廠商有利外，最為離譜的是，海關要添購新機的原因是舊機型X光穿透率不足，結果花大錢買的新機型，竟然比舊機還不堪。
本刊調查，關務署現有的貨櫃檢查儀可以穿透27公分的鋼板、每小時可以掃描20只貨櫃，新購進的貨櫃檢查儀雖能掃描28公分厚的鋼板，但在價格上卻得多花好幾億元，且每小時只能掃描12只左右的貨櫃，效能退步，明顯不符關務署原本設定目標。
這個標案從頭到尾都只有Rapiscan一間公司投標，一名知情爆料者指出，之所以如此，是因為招標規格完全是為Rapiscan量身訂做。
負責本案專業諮詢的清華大學核能技術師牛寰博士也坦言，本案在規格上因事先訂得過於嚴格，擔心沒有廠商能通過驗收，因此在公告閱覽後接受廠商建議，驗收標準放鬆不少，倒是在資格限制上確實嚴格許多。
