對照吳敦義極力撇清在雙北有內定人選，藍營在桃園市這個傳統鐵票區，一開始就鎖定由不分區立委吳志揚回鍋扛下市長候選人重任，儘管吳志揚去年即已向黨中央表達無意再戰，且在立委陳學聖、前立委楊麗環都相繼表達參選意願後，吳敦義卻又把初選機制擺一邊，私下拜會吳伯雄，希望「伯公」能協助說服徵召吳志揚，逼得吳志揚公開說出桃園市長鄭文燦「國民黨無人能望及項背」的話來，讓藍營基層大為不滿。
此外，吳敦義1月27日參加嘉義市小組長授證時，前嘉義縣長黃敏惠在台上宣布，「我要參加2018嘉義市長選舉，絕對尊重黨的機制」，現場加油聲不斷。此舉也引發嘉義市議長蕭淑麗不滿黃敏惠在她帶團出國訪問時宣布參選，憤而退黨參選。
吳敦義事後澄清，他事先不知道黃敏惠要宣布參選，也不可能當場制止，他在台上稱讚有意參選的3人，男女平等，絕無偏袒任何一方，而且黨內有機制產生最佳候選人。
吳敦義隨後也向媒體表示，「4年前蕭淑麗曾找他請祕書長曾永權成全退黨的她當選議長」，蕭淑麗發表聲明批吳敦義公開說謊，強調堅定參選到底決心。
