政院版「大同條款」原規定，過半股東就可自行召集股東臨時會，但朝野協商時在野黨認為降低臨時股東會門檻將造成公司動盪不安，最後表決通過的條文則增加持股3個月以上規範。民進黨團總召柯建銘表示，此條文可杜絕公司的「萬年執政」。
另一個引發爭議的第九條，也是外界俗稱的「SOGO條款」，原條文規定，公司設立或其他登記事項有偽造、變造文書，經裁判確定後，由檢察機關通知中央主管機關撤銷或廢止其登記。三讀條文將範圍擴大為「刑法偽造文書印文罪章之罪」，納入「登載不實事項或使登載不實事項」。不過修法並不溯及既往，SOGO公司增資案本身「並不適用」。
為了友善創新產業環境，三讀條文規定，未來公司可發行無票面金額股；現行法規定，公司一年僅可分配一次盈餘，但三讀條文規定，公開發行的上市公司，可自行規定每季或每半年配息一次，被稱為「股王條款」。
為落實電子化、國際化，修法明定，包括發行股票無實體化、股東提案電子化、非公發公司股東會議電子化、直接承認外國公司有法人人格、開放外文名稱登記。
在強化公司治理方面，則聚焦洗錢防制，包括放寬董事會召集程序、簡化董事提名程序、落實股東會召集權人之權利、新增公司治理人員、遵守國際洗錢防制規範。
