由於該交易案在連戰擔任黨主席期間，曾5度未簽售地公文，加上行管會當年與元利建設簽有「議價備忘錄」，談妥42.5億元成交，國民黨卻在6天後的簽約日、馬英九就任黨主席不到一個月突然降價4.2億元，不免令人懷疑是否也涉及背信罪。
國發院是軍方在撤退台灣後強制徵收民眾私有土地的不動產，徵收目的原是供軍方使用，後來軍方又將土地及建物提供給國民黨，幫助國家訓練青年革命軍，不過，後來馬英九擔任黨主席後，將國發院土地賣給元利建設。
根據黨產會日前公布國發院土地交易案調查報告指出，元利建設2005年以每坪約26.5萬元、總價38.3億元，從國民黨取得國發院14,437坪、市價約58.7億元的土地，交易價格與市價有近20億元落差，但元利表示取得成本每坪逾46萬元，遠超過估價，購地一切合法，雙方各說各話，真相有待檢方追查。
