富邦併台北銀行後，時任謝長廷競選總部發言人徐國勇（現任內政部長）就痛批，台北銀行資產至少被低估60億元，曾任台北市廉政委員的徐嶔煌也在臉書上說，「（台北銀行賣給富邦）這不是故意賤賣、什麼才是故意賤賣？」
特偵組偵辦二次金改弊端時也發現，國泰金和富邦金有意併購世華銀行，也分別找上前總統陳水扁，當時，富邦金總裁、國策顧問蔡萬才得知陳水扁介入世華銀爭奪戰，對陳水扁十分不滿。
特偵組起訴書指出，國泰金董事長蔡宏圖因行賄4億元，國泰金成功併購世華銀，蔡宏圖最終獲判無罪，陳水扁則遭判刑10年。
對二次金改的不公亂象，國民黨立委賴士葆也曾批評，二次金改讓大型公股銀行被以小吃大，金管會卻束手無策，卻一點辦法也沒有。隨著顧立雄宣布重啟三次金改，金金併公聽會召開在即，再度引發外界質疑。
