在拍攝期間共有山竹、燕子、潭美等颱風直撲寶島，但最後都轉向，讓人驚呼首次拍片的導演池家慶非常好運，他也很感謝大家幫忙他完成這部作品。不過來自馬來西亞的池家慶，也在台灣親身體驗到氣候變化的差異，「我們到大雪山拍戲，過了中秋，就變成冬天，只有8度。那時候想能不能頂得住，一喊卡童星白潤音就發抖。」
而在拍戲過程中，導演也讓楊采妮2度回新加坡探望雙胞胎兒子，她說每次重返劇組再看見白潤音，就覺得他長高了。但是為了拍戲，必須跟自己的小孩分隔2地，難道不會難過嗎？楊采妮說還是會想念，至於怎麼解決小孩看不到媽媽的問題，就是趁他們吃飯時放音樂，「我2個小孩聽到音樂就會跳舞，就趁這時候走。其實小朋友都知道，音樂跳完就會找人。」
拍戲時楊采妮跟童星白潤音相處愉快，一直都以劇中的稱謂「媽媽」「阿吉」互相稱呼，殺青後也不例外，還與導演約好一起帶白潤音去六福村玩。為什麼呢？原來是一開始排戲時，楊采妮曾問過白潤音想去哪裡，他回答：「六福村。」楊采妮牢記在心中，等拍攝告一段落帶他去圓夢。導演池家慶說：「以後要說『馬爾地夫』，遠一點。」楊采妮只好討饒：「新加坡我還有辦法！」
只是一行人到了六福村，沒有什麼敢玩，唯有導演跑去體驗笑傲飛鷹。楊采妮則陪著白潤音搭乘火山歷險，從高處往下衝、水花四濺，「我玩的最刺激是這個，因為我坐在最前面，白潤音躲在我的後面。」至於瞬間俯衝的紀念照呢？導演說在他手機裡。
片中飾演父親的李李仁，覺得參與《嗨！神獸》的拍攝很舒服，「很難得遇到純真的劇組，每件事都很負責任，不會影響周邊居民，這要很有氣質的人才能做的出來。這跟很純真的導演，帶領大家才有這樣的成果。」從《心靈時鐘》《通靈少女》到《嗨！神獸》，李李仁的戲份都不多，但他一點也不介意，「戲份少很符合我個人需求，我愛演戲，但是不要花太多時間。每個角色都有在戲有必要性，你叫我去哪裡拍都可以，只是怎麼做到最滿，把戲的拼圖做到最好。」
在開拍前，楊采妮還跟導演反應，「我是不會哭的，我很堅強。」但是一拍戲時，就很自然、很傷心，就哭了。困難的是，拍攝這個鏡頭時眼淚從眼角流下，但是換了另外一個鏡頭，卻無法從同一處留下眼淚，「導演會說，『妳剛剛流的不是那樣。』」李李仁則記得有次接在呂雪鳳後頭拍戲，看她很難過拍完戲回來，隨口就問怎麼了，「她就說，『都是因為你！我去找你，才哭得唏哩嘩啦！』」
