知情官員說，一旦林務局委託的調查結果認定大潭藻礁區確有保育必要、甚至最後劃為野生動物重要棲息環境公告範圍，儘管開發案已通過環評，仍必須回頭遵守《野生動物保育法》；此外，依據《文化資產保存法》，觀塘案施工過程中，只要發現「具自然地景、自然紀念物價值者」，開發單位依法仍須停工。
林務局編列1076萬元委託專家的「『藻』回南桃園的里山海：南桃園. 藻礁水圈環境生態對社區生活產業的影響」計畫，從今年3月起進行為期10個月的調查研究，該計畫包含了6個子計畫，從已劃為野生動物保護區的「觀新藻礁」往外擴大範圍，調查包括大潭藻礁等周邊的海洋生態。
觀塘案所牽涉的大潭藻礁區，除了去年6月已被發現，有林務局依《野生動物保育法》列冊管理的瀕危一級保育類「柴山多杯孔珊瑚」，林務局的委託計畫至今也有新發現；儘管該計畫要到年底才結束，但研究團隊這段期間已發現，大潭周邊出現被「國際自然保護聯盟瀕危物種紅色名錄（IUCN）」列為「瀕危」「紅肉丫髻鮫」的幼鯊，另有「黑邊鰭真鯊」。
研究團隊直指，大潭藻礁所蘊藏豐富的生物多樣性，很可能是這些幼鯊重要的孵育場，凸顯大潭藻礁對於台灣海洋生態與漁業資源保育的重要性。而團隊成員、中研院生物多樣性研究中心研究員陳昭倫更表示，保留健康完整的大潭藻礁是保護柴山多杯孔珊瑚唯一的方案。
陳昭倫更在9月26日的環評大會上發言說，大潭藻礁是在桃園藻礁裡面「最獨特的部分」；若把中油所提的迴避替代修正方案再套疊上去了以後，「我們就看到說，其實絕大部分準備做港口的這個開發區，就會挖掉目前絕大部分的生物礁的位置的部分。」
知情官員說，林務局的委託計畫尚有2個多月時間可以調查，若最後發現大潭藻礁確有保育類動物，或認定該區的生態系、生物物種量豐富、具獨特性，都有機會被劃為保護區；而保護區則採「分區管制」，可再分為核心區、緩衝區及永續利用區，不同的分區對開發行為就不同程度的限制，不管開發案是否通過環評案，開發單位屆時都須遵守《野生動物保育法》的規定。
若該區進一步發現保育類動物，更須遵守《野生動物保育法》第18條，「保育類野生動物應予保育，不得騷擾、虐待、獵捕、宰殺或為其他利用。」
此外，官員也說，若調查結果認定大潭沿岸周邊具《文化資產保存法》所稱的自然地景價值，根據該法第88條，「發見具自然地景、自然紀念物價值者，應即報主管機關處理。營建工程或其他開發行為進行中，發見具自然地景、自然紀念物價值者，應即停止工程或開發行為之進行，並報主管機關處理。」
