柯P連任後，無預警撤換主管大巨蛋業務的林洲民，儘管柯一再強調林去職不是因為大巨蛋，但被視為府內頭號「反蛋派」的林洲民任內堅持的公安標準，若被摒除，柯P恐怕也難自圓其說。
對柯P傾向讓遠雄出售大巨蛋股權，林洲民接受本刊訪問時直言：「市府的角色應是審查人，而不是按計算機幫遠雄或新團隊算獲利。」他強調，即使大巨蛋都審過關順利復工，也不代表就能夠完全解套，柯標舉的公開透明，終究必須面對外界的檢視。
本刊調查，在林洲民去職後，前副局長張剛維也自請調職離開北市府，反而是曾被林點名為「趙友友」的工務局長彭振聲升任工務副市長，為了彌補彭不熟悉都市計畫業務，柯將都更處副處長陳信良調往彭振聲辦公室，另由大巨蛋籌備處副執行長、北市府參議陳世浩，負責處理大巨蛋公共安全的防災疏散模擬。
人事更替後，府內官員似乎也嗅到風向改變，農曆年後，北市府大巨蛋籌備處與遠雄例會，清楚表明希望遠雄能先針對大巨蛋1、2樓帷幕牆先行施工，配合忠孝東路及光復南路圍籬3月底移樹工程告一段落後，能讓大巨蛋擺脫破爛外觀，但由於相關工程並未包含在暫時核准復工的工項，遠雄已二度發文到市府都發局建管處，卻未獲許可，也形成市府局處對復工項目不同調的怪象。
不只破爛外觀，大巨蛋停工期間因不斷除鏽，修繕費用重複支出高達3.5億元，目前雖由遠雄先墊付，但仍在持續仲裁，一旦停工官司再輸，柯市府恐怕還要面對議會追究這筆鉅款。
爭議之二就是大巨蛋零權利金的問題，在馬英九市府時代，刪除合約中市府每年1％的營運權利金，且讓渡給遠雄，並降低違約金金額，致使市府後續監督困難，經過估算，營運50年少收的權利金高達30億元。
市府核心人士說，目前市府已著手擬定「讓利條款」，納入未來修約的主要談判內容，原則上，將要求遠雄每年回繳市府數千萬元權利金，未來就看新團隊與遠雄是否買單。
第三爭議則是大巨蛋疏散問題，儘管總統蔡英文日前在一場茶敘中證實，已委託行政院政務委員張景森，扮演中央地方在大巨蛋工程的重要協調角色，但張景森能否順利完成小英交付的協調重任，各方都在等著看。
