2000年3月21日,台大土木系大一學生張振聲打籃球時因不明原因倒地,台大健康中心第一時間卻只有護士處理,發現張振聲已無呼吸心跳後才通報校醫,最後送往台大醫院搶救,至今仍是植物人,由家人全天照顧。
蕭秋勇時任台大校醫,張振聲父親張文振質疑,蕭在兒子倒地後20多分鐘才到場,更沒有進行CPR搶救,導致錯失搶救黃金時間而對他提出告訴。張文振更因太過悲痛,對於校方作為更十分不滿,在社群論壇PTT上貼出大量控訴文章,最後因文章數過多而被禁止,成為PTT上的禁忌。
蕭在該事件後離開台大,前往當時的台北縣衛生局擔任課長,此後又到板橋、石碇等地擔任衛生所主任。
2010年,蕭秋勇任職石碇衛生所主任時,被爆出詐領健保費後支領獎勵金,遭開罰2萬元並記過,他付出5萬元公益捐後,台北地檢署給予緩起訴,調任三芝至今。
但在2012至2014年,蕭秋勇曾開給多名病患過量管制藥物「佐沛眠」,該藥有良好安眠效果,但9成病患有戒斷症候群,因具成癮性而被列為四級毒品,最高日用量為1天1顆,蕭秋勇最高卻開給病患一天40粒,明顯超出常規。
這個離譜行為直到2015年才被發現,新北市衛生局認定蕭秋勇長期為病患處方管制藥品,導致病人有成癮風險,更未積極轉介至精神專科醫療院所治療,被以《醫師法》第25條懲處12萬元及30小時的額外教育,但他的主任大座並未受到影響。