由於國安會直屬總統，下轄國安局，為執掌台灣國家安全的專責機構，現任祕書長李大維是前外交部長，是總統任命的特任官，除由總統擔任主席，出席人員還包括副總統、行政院正副院長、內政部長、外交部長、國防部長、財政部長、經濟部長、陸委會主委、參謀總長、國安會祕書長及國安局長與總統指定閣員等人，個個都是政府核心要員。
依照《國家安全會議組織法》規定，所謂國家安全係指「國防、外交、兩岸關係及國家重大變故相關事項」，顯見遠航財務及飛安問題已升高為國安層級，非僅單純公司負責人張綱維的經營管理問題，處理稍有閃失，可能衝擊國家經濟、內政及安全，旅客權益或上千名員工生計也都會受到影響，足以牽一髮而動全身。
本刊調查，遠航飛安問題提升至國安層級，最關鍵因素在於遠航財務黑洞惡化，衍生飛安隱憂，民航局從前年起屢屢要求改善，竟有立委出面撐腰護航，致令財務全面失控，至今未見好轉。
總統府發言人黃重諺表示，國安會一位諮詢委員曾被邀請參加交通部針對遠航的專案會議，但該名諮委因有要務不克參與，另以口頭就飛航安全部分作出提醒。
