法務部指出，媒體報導及外界指摘何智輝案各項疑慮，法務部基於檢察行政監督之責，已指示高檢署就重啟調查，儘速釐清有無人謀不臧，法務部也將請高檢署要求各地檢署應全面清查目前贓證物處理情形，防止類似事件再次發生。
本刊調查，2003年檢調偵辦當時的立委何智輝涉及銅鑼園區貪汙案及久俊超貸案，在發動搜索當天，才發現何智輝竟在檢調行動的前一天，竟能緊急出境，他的妻子王素筠也滯外不歸，直到2004年9月，國民黨連宋配敗選，在立法院推動《319槍擊事件真相調查特別委員會條例》立法，要求何智輝回國參與表決覆議，他才回國並出庭自爆，藍綠陣營都曾要求他先不要回國，以免影響總統大選選情。
何智輝2004年在台北地院出庭時向法官表示，自己出國後，原本在2004年1月間有意自港澳地區回台，但當時國民黨高層打電話給他，希望他不要回台，避免影響連戰、宋楚瑜選情，何智輝說，自己因擔心成為歷史罪人，決定忍辱負重，暫不回國。
何智輝更當庭自爆，他滯留澳門期間，執政的民進黨高層曾派出一位政務官與他見面，何智輝說，當時這位政務官表示，希望他不要回國幫連宋助選，同時也暗示他選後再回國即會沒事，因為扁連任後，法務部長陳定南將被撤換，全案即不了了之，且陳總統也將會由客家人出任法務部長。
何智輝的當庭爆料，當時雖引起熱議，對案情並沒影響，一審遭重判19年，但他即在更一審時，花850萬買通高院法官獲改判無罪，檢調2010年對他行賄法官案逮人，布下天羅地網，何智輝還是能順利逃亡，如今卻又傳出何智輝行賄法官的證物早已在2013年全被台北地檢署燒光光。
