同樣也是教會體系的馬偕醫院,和宜蘭普門醫院也爆出糾紛,鬧上法院,馬偕醫院和宜蘭普門醫院2017年合作簽約,宜蘭普門隔年更名為「宜蘭普門醫療財團法人員山馬偕醫院」,馬偕醫院去函要求普門醫院改名,迄今宜蘭普門醫院仍掛馬偕分院,雙方迄今仍在纏訟。
另一個爆出健診糾紛的則是台北榮總醫院,林芳郁擔任北榮院長期間和長德醫療顧問合作,2011年成立全人美為健檢單位,林芳郁2015年卸任後,北市衛生局和監察院收到檢舉函,院內爆出內鬥爭議,全人美也遭關閉,後來,長德醫療顧問對北榮提告,2017年時,判賠長德1億元。
位在南部的南霸天高醫也屢傳糾紛,高醫2010年改選院長,董事會和高醫大不同調,一度產生紛爭,直到教育部發函要求盡速解決,最後才由吳俊仁接任;去年高醫大改選校長,高醫大校友會也槓上董事會,分別意屬不同人選,遭教育部糾舉,迄今高醫大校友會和董事會仍紛爭不斷。