8月23日、私菸案爆發後一個月，台北地檢署火速偵查終結，以貪汙罪嫌起訴總統府侍衛室少校侍衛官吳宗憲、張恒嘉等13人，總統官邸警衛室少校侍衛官徐兆鋒等6人，則依違反《稅捐稽徵法》獲得緩起訴處分。
不只基層軍官受到法律追訴，私菸案也讓好幾位高階將官黯然下台。案發第一時間，國安局長彭勝竹請辭獲准，由退輔會主委邱國正接任；總統府侍衛室中將侍衛長張捷自請調職，參與購買香菸的總統官邸少將警衛主任林國欽、陳逸夫也被撤換，就有人私下調侃林、陳2人根本是「為買七星，抖掉星星」。
總統蔡英文也在臉書發文，對爆發私菸案表達歉意。她說，這些長期的弊端不論發生在哪個政黨執政時代，或經歷多少政府，「今天既然是我們執政，就會一肩扛起責任，查辦到底，釐清責任，讓弊端未來不再發生。」蔡總統也告訴特勤人員，「你們身負國家重任，必須有高度的責任感和榮譽感，之後必須痛定思痛，深刻反省，記取教訓，有錯就改，重新贏得社會的信賴。」
