簡單來說，各單位就是處於「各自為政、事權不一」的狀況，出了紕漏，根本沒有人負全責，長久以來特勤體系的紊亂狀況，一直為外界詬病，也被視為此次私菸案出包的主要原因。
最明顯的例子是私菸案爆發後，民進黨立委蔡適應轉述國安局特勤中心的說法表示，特勤中心認為總統出訪維安由侍衛室主導，吳宗憲等人也已非國安局編制人員，外界卻將此案誤導為「國安局走私案」，讓特勤中心感到委屈。
知情人士告訴本刊：「說實話，能擔任總統府侍衛長與官邸警衛室主任的，都是與總統朝夕相處、總統最信任的人，國安局對侍衛室的事，根本插不了手，局長在總統出訪時頂多也就接送機而已，但出事了卻要由國安局來扛，也難怪會有抱怨聲音傳出。」
連前國安局長蔡得勝都曾坦承，歷任局長都想把特勤這塊分出去，他還無奈地表示，特勤制度若不改善，每個局長都是「提著頭幹」，只要相關人員發生重大違紀事件，局長隨時都可能要負責下台。
