本名近藤奈奈的水樹奈奈從小受到業餘經營歌謠教室的父母影響，5歲開始就被父親栽培成一名演歌歌手，因本名近藤奈奈的讀音與歌手近藤名奈一樣，出道後因此以藝名水樹奈奈展開活動。小學、國中時水樹奈奈屢屢在四國地區的各種歌唱比賽獲獎，國一時更以本名錄製單曲〈杜櫻》，國三時在「瀨戶內卡拉OK歌謠賽十周年記念全國大賽」奪冠，獲評審賞識邀她國中畢業後到東京發展。
水樹奈奈13歲時，曾受一名新居濱觀光協會員工委託，演唱一首詠嘆別子銅山歷史的歌曲，並製作數百盒錄音帶發送，是水樹奈奈年少時期演唱演歌的珍貴紀錄之一。
因為熱愛動漫而對配音員懷有憧憬的水樹奈奈，在高中時期特別加修聲優課程，並在1997年高三時以聲優出道，出道前為貼補家用，水樹奈奈也經常奪下全校第一名領取獎學金。
《與昨日同行》導演大森研一透露：「因為水樹奈奈非常熱愛她的故鄉，當時我將電影片段和照片提供給她參考，她也非常樂意幫助為新居濱市所拍攝的這部電影，很快就寫出了一首讓大家都很滿意的電影主題曲。」而水樹奈奈不僅為電影熱情獻聲，甚至也特地出席了於東京舉行的記者會，上映後更跟著劇組勤跑映後活動，以行動力挺故鄉。
