下午副院長選舉僅發出111張選票，亦即有2位立委並未進議場投票，據了解，未投票的這2人都是國民黨立委，1位是不分區立委林文瑞因趕回雲林參加農田水利會會長交接而請假，另一人是國民黨立委陳雪生，已搭機回到馬祖。
開票結果，蔡其昌獲得65票，也就是說民進黨62票，加上無黨籍趙正宇、林昶佐及台灣基進黨陳柏惟的65票都確定拿下。擁有38席的國民黨支持立委楊瓊瓔，但與上午的賴士葆同樣僅獲得36票，台灣民眾黨立委賴香伶拿下5票，時代力量立委王婉諭獲得3票，國民黨立委鄭天財得1票，國民黨不分區立委溫玉霞意外獲得1票。
本刊調查，無黨籍立委高金素梅繼上午院長票投自己後，下午投給原住民立委鄭天財，而溫玉霞那一票，因溫玉霞在選票中就排列在楊瓊瓔正下方，很可能與上午誤投賴品妤的狀況一模一樣。
國民黨立委上午發生投錯票的狀況，下午副院長投票時，國民黨立委圈票後會技術性亮票給負責監票的葉毓蘭看，確保票票入匭，但仍有2位國民黨立委未進場投票，同樣再發生投錯票的烏龍事件。
