2007年1月,內政部移民署正式掛牌成立,吳振吉出任首任署長,2008年他提前退休,從此淡出警界和政壇。
吳振吉是從基層員警做起,後來考取中央警官學校(現警大)專修班43期,與現任移民署長邱豐光為同期同學,由於他行事認真負責,因此極獲長官賞識。
吳振吉擔任城中分局(現中正一分局)警備隊長期間,因處理總統府及立法院周邊抗爭活動時,常能將衝突化解於無形,深獲黨外人士及長官肯定,他在陳水扁擔任台北市長時獲得重用,但也因此被貼上扁家軍的標籤。
陳水扁2000年當選總統後,吳振吉就被借調到官邸擔任內衛室主任,之後升任基隆市警察局長、航空警察局長、入出境管理局長,最後更成為移民署的首任署長,並在任內提前退休。
與吳振吉共事過的警界人士認為,吳能平步青雲,並非只因陳水扁提拔,更是因他在每個工作崗位上都交出漂亮成績,且行事作風穩健、踏實,才是關鍵。