這間副院長辦公室，堪稱是這次防疫作戰的主要基地之一。當中國首度傳出不明原因肺炎疫情時，蘇貞昌在去年12月31日指示陳其邁召集跨部會開會，隨後並在當天宣布實施登機檢疫，當時的開會地點就在此；後續陳其邁在大年初四（1月28日）迅速召集衛生福利部、內政部、法務部、國家通訊傳播委員會等首長以及電信業者，拍板成立「電子防疫服務平台」、推出「電子圍籬1.0」，相關決策也在這間辦公室誕生。
還原這次防疫決策背後的依據，陳其邁說，流行病學上的R0值（基本再生數）指的是，一個傳染病平均會傳給幾人，這次疫情假設一人可傳染給4人，在沒有任何管控措施下，找出確診者就可先讓R0值由4降到2，但後續要想切斷傳播鏈，必須仰賴政府追蹤能力及保持社交距離這二大方向，才能控制傳播率，政府當時沙盤推演設定的目標，就是希望二措施至少都落實50％，如此便可讓R0值由4降低到1、甚至0.85。
陳其邁表示，當追蹤能力愈高、愈能降低人與人的接觸率，R0值就可以降得愈低；台灣從登機檢疫到推出電子圍籬系統，就是希望能夠精確地追蹤可能的感染者，至於大型集會管控、提升口罩覆蓋率到指揮中心推動民眾保持社交距離等，目的都是為切斷病毒可能的傳播管道。
我國口罩政策至今已推出3.0版，陳其邁也透露，當初擬定口罩政策，同樣是以流行病學的R0值作為推算基礎，「從流行病學的觀念來看，防疫要讓更多人買到口罩、更方便，而不是一個人可以買到很多口罩」，因此政府的目標就是在任何防疫措施都未實施的情況下，口罩覆蓋率要達到7成5，才能有效降低R0值。
他指出，口罩1.0推出藥局實名制，從數據統計發現，可讓年長者及小孩的口罩覆蓋率達6成，但當時年輕人的覆蓋率僅4成，於是順勢推出口罩2.0採網路預購制，讓年輕人、乃至於整體的覆蓋率都達到6成，現階段2個禮拜9片的口罩3.0，要讓購買口罩更方便，目標就是要使覆蓋率再提升至7成5以上。
