中共智庫的上海台灣研究所常務副所長倪永杰，去年登在期刊《台海研究》中的一篇文章〈關於「兩制」台灣方案與兩岸民主協商的若干思考〉，內容指出，一國兩制是兩岸統一的最佳方案，台灣的民意是談判的關鍵，他們應該尋找並培養「參與、從事兩岸協商談判的對象與領袖」。
倪永杰寫道，「我們要做好統派力量如統一聯盟黨、新黨、親民黨、白色力量的柯文哲、以及島內重大社會團體、重要宗教團體、著名政治人物、具有重大影響力人士、著名輿論工作者的工作，引導他們走上兩岸協商之路」。
柯文哲先前曾對民進黨支持者將他「抹紅」，指他與中國大陸關係密切一事相當不滿，近來這篇文章又再度流傳，柯直接被中共智庫學者點名成了「自己人」，恐怕再加深外界對於他以及其所領導的政黨台灣民眾黨，對兩岸關係立場的質疑，因此民眾黨16日特地發出聲明，嚴正抗議。
民眾黨聲明表示，他們並不認同倪永杰文章的立場，倪的評論與民眾黨主張路線差距甚大。其次，在兩岸立場上，無論是民眾黨或柯文哲主席，一路以來主張都一致，就是「務實」，透過厚植國力，維持台灣的自主性與優越性，而非為爭取選票操作統獨意識形態。
民眾黨也表示，目前有數以萬計的台商的眷屬在為台灣經濟努力，兩岸官方卻沒有實質對話管道，他們認為，在雙方對等的前提下對話，才能增進了解、有效溝通，降低雙方敵意，擴增台灣的生存空間，才是台灣的最大利益。
民眾黨更強調，不能因為他們主張和對岸溝通與對話，就將他們歸類為統派，「本黨對於民主自由體制及主權的堅持，是基本的底線，從未鬆動。」認為倪永杰該文對民眾黨形象影響甚鉅，因此表達抗議。
