促轉會成立之後便積極清查與徵集政府機關所保管之政治檔案，並協調相關機關加速解密作業，將檔案移交至檔案局；然威權統治時期的政治檔案，並不只屬機關獨有，故促轉條例將檔案徵集的對象擴及政黨、附隨組織及黨營機構，本會亦依法進行審定、徵集，而類似這類在政府機關之外，無法徹底清查的檔案，還包含流落民間的機關檔案，如同此次鏡週刊揭露之警總檔案，過去機關檔案管理較不完善，檔案佚失之事多有所聞。
108年，因為一清專案案件當事人因檔案未妥善保存而佚失，導致無從聲請賠償的狀況，監察院即針對部分檔卷佚失，對國防部提案糾正。這些散落民間的檔案，多賴民眾主動提供、歸還政府，方能讓政治檔案更為完整，有利歷史真相之還原。
