馬英九辦公室表示，陳菊原為蔡總統的幕僚長，民進黨派系色彩濃厚，由其出任監察院長，蔡政府形同將監察院作為內閣的延伸，實質貫徹民進黨一黨獨大，呼籲蔡總統懸崖勒馬，撤回提名。
馬辦進一步強調，監察院為國家最高監察機關，憲法明文規定，監委須「超出黨派以外，依據法律獨立行使職權」，但此次蔡總統提出的監委名單，不僅陳菊的政黨色彩濃厚，全部27位監委中，與民進黨關係密切或原具有黨籍者達24人。
馬辦也表示，目前民進黨在行政權與立法權已獨大，對於自己口口聲聲要廢掉的監察院，也想一手掌控，對比馬前總統任內兩次提名的監察院長人選王建煊與張博雅，皆非國民黨籍，監委也多為無政黨色彩人士，「蔡政府的吃相實在難看到極點。」
馬辦也指，先前蔡總統所提名第5屆監委中的「英系」委員，引發諸多侵犯司法權及違憲爭議，蔡政府以監察權打擊異己早有前車之鑑；此次的提名名單，外界也質疑民進黨以酬庸踐踏國家名器，對於此種只為遂行政黨意志、貫徹一黨獨大的提名，「馬前總統堅決反對，除請蔡總統撤回提名外，也呼籲陳菊顧及社會觀感及個人形象，知所進退。」
