人事行政總處《聘約人員人事條例》草案，將國考公務與聘約人員分為「兩軌制」，聘約人員若符合資格，進用滿3年後就能成為「準公務員」，內容規定三等至五等的聘約人員，可在進用滿3年後，擔任或兼任特定機關有職稱職務，對此，被學者質疑是開後門，為自己用人找到更方便的方式。
草案中指出，透過公開競爭遴用程序，進用具符合特定教育或工作專業經歷的人員，並以績效續約、績效激勵和薪資衡平等原則，明確規範這類人員的工作權益，且未來將政府公務人力將整併為「兩軌」，主體為國家考試任用制的公務人員，輔則為公開競爭遴用的聘約人員。
針對草案爭議，人事行政總處繼11日發出新聞稿後，昨上午又再度發出新聞稿說明，表示目前仍在徵詢各界意見的階段。新聞稿指出，政府現有約聘人員相關法制保障補足，一直為立法院、聘僱人員、媒體及社會各界所長期關心焦點，因此人事總處強化工作條件，規劃「聘約人員人事條例」草案，澄清聘約人員制度並非政務人員相關制度，不應混為一談。
人事總處進一步指出，聘約人員並不會成為公務人員、也不會影響正常公務人員體系升遷權益，更不會破壞當前文官考試制度。表示現任聘僱人員制度仍有不足，希望為藉由「聘約人員人事條例」草案，解決多年來政府本身、聘僱人員、立法院等問題。
人事總處認為，某些媒體或有些評論，將這個想法炒作成將適用在草案沒提及的其他業務領域，遭刻意誤導，令人感到遺憾，並表示，草案仍在政府內部各機關徵詢意見，盼各界能完整閱讀草案全部條文後，給予意見，使這套新的典章制度能完善周延。
